מהגדרה זו נובעות דרכי הפעולה לקידום המשימה המרכזית, כדלהלן:

• קיום פעולות לימודיות, מדעיות והכשרתיות לחברי אפק ולאחרים כגון סדנאות, ימי עיון, קבוצות לימוד, מפגשים עיוניים, הרצאות, הוצאת כתב-עת ותכנית הכשרה בפיתוח וייעוץ ארגוני.
• מתן ייעוץ שמבוסס על גישת אפק לקבוצות ולארגונים.
• חקירת התהליכים באפק כמודל להעמקת ההבנה של תהליכים פוליטיים-חברתיים.
• קיום קשרים וביצוע פעילויות בשיתוף עם ארגונים בעלי מטרות דומות בארץ ובעולם.
• הפצת רעיונות אפק באמצעות מחקר, כתיבה מדעית, השתתפות והרצאות באירועים מקצועיים בתחומי עיסוקה של אפק.